Первый маршрут пройдет от железнодорожной станции «Белоостров» вдоль северного побережья Финского залива с пересечением Московского, Балтийского и Витебского направлений петербургского железнодорожного узла. Здесь же предполагается строительство новой железнодорожной линии через аэропорт Пулково с выходом на Балтийское направление и продление маршрута до железнодорожной станции «Ораниенбаум».
Второй маршрут начнется от железнодорожной станции «Токсово» с пересечением Московского, Витебского и Балтийского направлений и последующим выходом на Сосновоборское направление, и также дойдет до станции «Ораниенбаум».
Эти маршруты должны появиться к 2030 году.
Кроме того, пять линий метро увяжут с пригородным сообщением. Это поможет организовать железнодорожное полукольцо внутри города и облегчит доступ в удаленные районы. В планах строительство девяти транспортно-пересадочных узлов.